【R】用grafify搞定统计绘图、方差分析、干预比较等!
本期推荐一个优质R包grafify,grafify功能表现在以下几方面:
几行代码绘制高颜值统计图表,支持6大类,19种图表 (见上图); 包含辨识度极高的调色盘,可与ggplot2良好兼容; 支持方差分析 (ANOVA),包括随机区组和重复测量设计; 支持干预前后的变化比较 (post-hoc comparisons); 模拟1-way和2-way ANOVA设计。
grafify调色盘
支持以下调色盘,包含定性配色方案(Qualitative colormaps)如okabe_ito、r4等和顺序配色方案(Sequential colormaps)如grey_conti等。使用方法类似ggplot2,参考👉 R可视化07|ggplot2图层-标度图层(scale layer)-颜色盘篇
plot_grafify_palette(palette = "kelly") #查看kelly调色盘所有颜色色值号
grafify:::graf_palettes #输出grafify所有调色盘色值
grafify绘制统计图
统计图对应的实现方法都在下图红框
里了,需要那类图,使用图上方函数即可,下面简单举例,说明grafify的使用:
demo0
plot_4d_scatterbar()
实现3或4个分类变量bar图,
plot_4d_scatterbar(data_2w_Tdeath,
Genotype,
PI,
Time,
Experiment,
b_alpha = 0.7,
ColPal = "vibrant")+
scale_colour_manual(values = c("black", "grey20"))+
labs(title = "2way/RM, bars/SD",
subtitle = "(shapes = randomised blocks)")
demo1
绘制一个组合图:bar图+散点图+SD,plot_scatterbar_sd()
可轻松搞定
library('grafify') # 导入包
plot_scatterbar_sd(data = data_doubling_time,#使用内置数据集data_doubling_time
xcol = Student, # 指定X轴变量
ycol = Doubling_time, # 指定Y轴变量
SingleColour = "r4_1")+ # 指定颜色,这里取子调色盘r4
labs(title = "Scatter+bar+SD") # 设置标题
demo2
QQ图:使用plot_qqline()
即可,
plot_qqline(data_t_pratio,
log(Cytokine),
Genotype)+
labs(title = "QQ plot with plot_qqline()")
demo3
临床连线图:SCI文章中常用连线图比较一样本在干预前后的变化,grafify中plot_befafter_colours()
可轻松实现,
plot_befafter_colours(data = data_t_pdiff,
xcol = Condition,
ycol = Mass,
match = Subject,
symsize = 5,
ColPal = "r4",
ColRev = T)+
labs(title = "TBefore-after with plot_befafter_colours")
demo4
plot_xy_NumGroup()
plot_xy_NumGroup(dplyr::filter(diamonds, cut == "Premium" & clarity == "SI1"),
depth,
price,
carat,
s_alpha = .5,
ColPal = "grey_conti")+ #colschem
labs(title = "plot_xy_NumGroup()")
grafify方差分析
该部分不详细介绍,主要支持以下几类ANOVA:
Simple linear models
: One-way ANOVA, Two-way ANOVAMixed effects models
: One-way ANOVA & randomised blocks,Two-way ANOVA & randomised blocks,Two-way ANOVA, repeated-measures & randomised blocksPosthoc comparisons
:posthoc_Pariwise, posthoc_Levelwise, posthoc_vsRef
参考:https://github.com/ashenoy-cmbi/grafify
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