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7.1 limma用于转录组reads-count数据差异基因分析

做转录组差异分析，我们通常是基于reads-count数据，这个数据可以来源于Salmon的结果、STAR的结果或从网上下载的数据。

这个数据怎么获取，具体见下方的教程。

基于Salmon的转录组批量定量流程和差异分析
STAR直接就可以输出readsCount，为什么还需要featurecounts？
利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息

7.1.1 输入数据1：reads-count数据

现在假如我们已经拿到了8个样品的reads-count数据。点击下载ehbio_trans.Count_matrix.txt。

这是TAB键分割的文本文件：

第一列是基因名字，基因名可以是ENSEMBL ID、Gene symbol或任意其它ID，但不允许有重复的名字。
第一行除第一列ENSG (第一列的名字可以是任意字符，不影响)外，其它列都是样本名字。样本名字建议只包括数字，字母和下划线。尤其是不能有-，不能以数字开头，最好下划线都不要有。
数据矩阵中的其它内容都是整数。
从第二行起，每一行代表一个基因在每个样品里面的原始reads-count值。

##                 untrt_N61311 untrt_N052611 untrt_N080611 untrt_N061011
## ENSG00000227232           13            25            23            24
## ENSG00000278267            0             5             3             4
## ENSG00000241860            3            11             1             5
## ENSG00000279457           46            90            73            49
## ENSG00000228463            5             4            13             6
## ENSG00000237094            0            16             7             2
##                 trt_N61311 trt_N052611 trt_N080611 trt_N061011
## ENSG00000227232         12          12          22          22
## ENSG00000278267          2           4           3           1
## ENSG00000241860          3           2           0           2
## ENSG00000279457         52          46          89          31
## ENSG00000228463          5           0          11           4
## ENSG00000237094          1           3           3           2

7.1.2 输入数据2：样本分组信息 (sampleFile)

既然做差异基因分析，通常是2组或多组之间的比较。如果是多组，也是两两组之间的组合比较。在上面的reads-count矩阵中只有样本名称，但不知道哪些样本是来源于一个生物处理组的，如对照组或处理组等。所以需要提供这样一个文件，指示样本的属性信息，如所属组信息。这里有一个示例数据，sampleFile2.txt:

##               conditions individual sizeFactor    SV1    SV2    SV3
## untrt_N61311       untrt     N61311  1.0211325 -0.101 -0.494 -0.316
## untrt_N052611      untrt    N052611  1.1803986  0.018 -0.170  0.588
## untrt_N080611      untrt    N080611  1.1796083 -0.429  0.376 -0.089
## untrt_N061011      untrt    N061011  0.9232642  0.535  0.241 -0.176
## trt_N61311           trt     N61311  0.8939275 -0.125 -0.496 -0.366
## trt_N052611          trt    N052611  0.6709229  0.036 -0.151  0.591

需要注意的有一下几点：

样本分组信息sampleFile文件至少需要有2列。
第一列表示样本名字，需要与reads-count文件中的第一行中的样本名字能对应上。顺序没有关系。大小写要一致。比如在sampleFile中样本名写做untrt_N61311，而在reas-count文件中写做UNtrt_N61311或untrt N61311，大小写不一致是不对的。一定注意是完全一致。
第二列表示样本分组信息。示例中前4个文件属于untrt组，后4个文件属于trt组。一个组的样本不要求必须挨着。样本的组名不要有除数字，字母和下划线之外的字符。
其它列都是样本的属性信息，可有可无。有时也会用到，后面会有例子演示。

7.1.3 导入数据，设置参数

表达矩阵通常比较大，在1M左右或更大，直接粘贴进入浏览器的文本域会导致浏览器变卡。这不是网站速度慢的问题，是浏览器自身问题，不适合承载太大的数据。这里建议用上传的方式，免费注册一个账户，按下图所示上传数据。

数据上传好之后，需要刷新工具页面，才可以看到新上传的数据。选择相应的数据，如下图

依次设置参数：

Input way设置为Select uploaded file
Upload main expression data (Gene X Sample)选择上传的reads-count文件
Select sample attributes file (first column must match first row of expression data matrix)选择上传的sampleFile2.txt文件
选择Expression data type为Raw reads count
选择Group为conditions (sampleFile2.txt中表示分组的列)

其它参数可以暂时先不管。

点击提交，获得结果。

7.1.4 差异分析结果报告

默认输出一个结果文档，1个大章节，2个小章节，分别是整体丰度图谱比较和差异分析结果。点击各个子章节可以展开查看具体内容。

7.1.4.1 1.1 所有样品丰度图谱展示 (聚类热图和PCA)

1.1.1 是样品表达图谱聚类热图，一幅下三角热图，一幅交互式热图。展示样本之间的相似性关系。标准化后的表达值也可从这下载。该工具主要定位是差异分析，可视化也有一些，不过都不能调整参数。如果需要进一步可视化，可以基于这里提供的表达数据，通过BIC的其它工具进行进一步可视化分析。后面我们会讲到。

Figure 7.3: 点击理解图形解读 1. 这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗？ 2. 图形解读系列 | 给你5个示例，你能看懂常用热图使用吗？

1.1.2 是样本表达图谱的PCA图谱绘制（静态图和交互图），在PC1轴上样品按处理和对照分成2簇，在PC2轴上，样品的分布与个体来源相关（这里是一个信号，我们后面会提到，感兴趣的可以先看下高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新）。默认出图不太美观，数据可以下载下来，用我们的PCoA工具进行进一步绘制。