分子进化和系统发育的基础知识
写在前面
最近忙于分析数据写文章，这个礼拜都没有看新的文献，也没研究新的绘图方法，就把之前整理的一个比较拿出来和大家分享一下吧。
主要内容是对于系统发育分析和系统进化树构建的一些基础知识，因为笔记整理好也有两三年了，具体内容来源我已经忘记了，可能是来自于某一本书，也有一些应该是来自于网上的文章，但应该不是直接抄了某一篇文章，如果某位大神发现其中部分内容与之前写的文章相近，觉得有侵权嫌疑的请与我联系，谢谢！
分子进化
在长期的进化过程中，生物大分子在分子水平上的变异会被积累起来，形成与其祖先存在很大差异的生物大分子，因此，在核酸和蛋白质分子组成的序列中，蕴藏着大量生物进化的遗传信息，根据各种生物间在分子水平上的进化关系，可以建立分子进化的系统发育树，估测物种间的亲缘关系，直观地阐明物种间的进化历程。
分子进化有两个显著特点，即进化速率的相对恒定性和进化的保守性。
进化速率的相对恒定是指核酸和蛋白质内的核苷酸或氨基酸替换频率保持稳定，生物大分子随时间的变化比例几乎是恒定的，这是确定物种分歧时间的理论依据。
进化的保守性是指功能重要的大分子的进化速率要远远低于功能不重要的大分子，也就是用保守标志基因鉴定物种的理论依据。
分子进化的中性学说认为多数或绝大多数突变都是中性的或近中性的，即无所谓有利或不利，自然选择对它们不起作用，因此对于这些中性突变不会发生自然选择与适者生存的情况，生物的进化主要是中性突变在自然群体中进行随机的“遗传漂变”的结果，而与选择无关（我个人比较倾向这种学说，“优胜劣汰，适者生存”不太靠谱）。
系统发育分析
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