Venn网络展示富集分析结果
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2021-05-29 04:56
前面讲述了富集分析泡泡图的绘制，富集分析结果也可以用网络形式同时展示富集的条目以及对应的基因。
首先看下示例数据，列数可多可少，这里只用到Description列和geneID列。
ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count Group
HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB 26/156 200/4386 4.45471795944512e-09 2.09371744093921e-07 1.82877895177221e-07 PER1/DUSP1/IRS2/KLF9/CEBPD/DNAJB4/CFLAR/GADD45B/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/KLF6/RHOB/MAFF/PTX3/NR4A3/MAP3K8/GCH1/NFIL3/CYR61/NR4A1/DUSP5/ATF3/GFPT2/RCAN1/PTPRE 26 trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION 18/156 200/4386 0.000216131430625001 0.00507908861968753 0.0044363819970395 NNMT/FZD8/GADD45B/SAT1/COL7A1/LAMA2/THBS1/RHOB/PTX3/COL4A1/ANPEP/FSTL3/CYR61/COL11A1/LAMA3/ACTA2/TAGLN/FBN2 18 trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_HYPOXIA HALLMARK_HYPOXIA 17/156 200/4386 0.000638557923391064 0.0100040741331267 0.00873816105693035 DUSP1/MT2A/ERRFI1/IRS2/MT1E/FOXO3/SAP30/KLF6/GLRX/MAFF/UGP2/CITED2/NFIL3/CYR61/ATF3/STC1/GCNT2 17 trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_P53_PATHWAY HALLMARK_P53_PATHWAY 16/156 200/4386 0.00176676135024713 0.0207594458654038 0.0181325506999047 STOM/ZBTB16/ABAT/ALOX15B/DCXR/FOXO3/SAT1/TSC22D1/CCND3/INHBB/TM4SF1/ATF3/CD82/PDGFA/SLC19A2/PTPRE 16 trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_UV_RESPONSE_DN HALLMARK_UV_RESPONSE_DN 12/156 144/4386 0.00478020785355157 0.0449339538233847 0.0392480223765287 DUSP1/APBB2/MT1E/ANXA4/TGFBR2/PDLIM5/AMPH/CITED2/CYR61/COL11A1/DDAH1/PPARG 12 trt._higherThan_.untrt
HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE 9/156 101/4386 0.00920383270379172 0.0720966895130351 0.0629735921838381 FKBP5/ADAMTS1/PDLIM5/SAT1/TSC22D1/CCND3/STEAP4/SLC38A2/PTK2B 9 trt._higherThan_.untrt采用BIC的工具Explode matrix对矩阵进行转换，把geneID列的基因按行拆分开：
http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27NDI%3D%27
设置
geneID列为Column for exploding设置
/为Item separtor in exploding column设置只保留
geneID和Description列，且geneID列在前 (Specify columns to be included in final matrix)
点击提交，下载结果（如果结果直接在浏览器打开了，则右键另存为下载）
获得转换后的数据格式如下 (两列文件，基因和其对应的富集条目)：
geneID Description
PER1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DUSP1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
IRS2 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
KLF9 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CEBPD HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DNAJB4 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CFLAR HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GADD45B HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PDLIM5 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
SAT1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
TSC22D1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
KLF6 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
RHOB HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
MAFF HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PTX3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NR4A3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
MAP3K8 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GCH1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NFIL3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
CYR61 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NR4A1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
DUSP5 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
ATF3 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
GFPT2 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
RCAN1 HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
PTPRE HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB
NNMT HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FZD8 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
GADD45B HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
SAT1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL7A1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
LAMA2 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
THBS1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
RHOB HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
PTX3 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL4A1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
ANPEP HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FSTL3 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
CYR61 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
COL11A1 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
LAMA3 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
ACTA2 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
TAGLN HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
FBN2 HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION
DUSP1 HALLMARK_HYPOXIA
MT2A HALLMARK_HYPOXIA
ERRFI1 HALLMARK_HYPOXIA
IRS2 HALLMARK_HYPOXIA
MT1E HALLMARK_HYPOXIA
FOXO3 HALLMARK_HYPOXIA
SAP30 HALLMARK_HYPOXIA
KLF6 HALLMARK_HYPOXIA
GLRX HALLMARK_HYPOXIA
MAFF HALLMARK_HYPOXIA
UGP2 HALLMARK_HYPOXIA
CITED2 HALLMARK_HYPOXIA
NFIL3 HALLMARK_HYPOXIA
CYR61 HALLMARK_HYPOXIA
ATF3 HALLMARK_HYPOXIA
STC1 HALLMARK_HYPOXIA
GCNT2 HALLMARK_HYPOXIA
STOM HALLMARK_P53_PATHWAY
ZBTB16 HALLMARK_P53_PATHWAY
ABAT HALLMARK_P53_PATHWAY
ALOX15B HALLMARK_P53_PATHWAY
DCXR HALLMARK_P53_PATHWAY
FOXO3 HALLMARK_P53_PATHWAY
SAT1 HALLMARK_P53_PATHWAY
TSC22D1 HALLMARK_P53_PATHWAY
CCND3 HALLMARK_P53_PATHWAY
INHBB HALLMARK_P53_PATHWAY
TM4SF1 HALLMARK_P53_PATHWAY
ATF3 HALLMARK_P53_PATHWAY
CD82 HALLMARK_P53_PATHWAY
PDGFA HALLMARK_P53_PATHWAY
SLC19A2 HALLMARK_P53_PATHWAY
PTPRE HALLMARK_P53_PATHWAY
DUSP1 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
APBB2 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
MT1E HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
ANXA4 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
TGFBR2 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
PDLIM5 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
AMPH HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
CITED2 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
CYR61 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
COL11A1 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
DDAH1 HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
PPARG HALLMARK_UV_RESPONSE_DN
FKBP5 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
ADAMTS1 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
PDLIM5 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
SAT1 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
TSC22D1 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
CCND3 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
STEAP4 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
SLC38A2 HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE
PTK2B HALLMARK_ANDROGEN_RESPONSE把这个文件粘贴到最全Venn图绘制工具Evenn (http://www.ehbio.com/test/venn/#/，更多功能见这个Venn 网络很漂亮！3分钟带你绘制！)的Venn network处，直接点击submit。
点击提交后，直接出来一张网络图
点击Preferred layout按钮，看动画，调布局 (具体操作可查看EVenn的Help帮助文档和对应的视频)。
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