Cell：粟硕/施莽团队利用宏转录组揭示“野味”动物携带和人类疾病密切相关的多种病毒-技术圈

2022年2月16日，南京农业大学粟硕教授团队与中山大学医学院施莽教授团队等单位共同合作在Cell杂志上发表题为 “Virome characterization of game animals in China reveals a spectrum of emerging pathogens”的研究论文。

该论文利用宏转录组的方法系统探索了包括果子狸、穿山甲、豪猪等在内的18种“野味”哺乳动物的病毒组，发现并且评估了超过102种哺乳动物相关的病毒，其中包括21种和人类致病密切相关的病原体，为“野味”动物携带并传播高危病原提供了重要理论依据，并且为下一次疾病暴发提出预警。

南京农业大学博士研究生何婉婷，中山大学医学院博士研究生侯新和南京农业大学硕士研究生赵晋为本文共同第一作者，南京农业大学粟硕教授，中山大学医学院施莽教授和悉尼大学Edward Holmes教授为共同通讯作者。

新型冠状病毒肺炎（Corona Virus Disease 2019，COVID-19）大流行使得全球野生动物贸易（即“野味”动物）引起了公众的广泛关注。由于不同种类“野味”动物在较小空间内的集中饲养、运输和贩卖，使得其携带的各种原本致病性低的病毒也可在不同物种间传播、变异、重组，最终有机会演变成可以感染人的高危病毒。因此，开展“野味”动物的病毒谱调查对全人类乃至全球新发传染病的防控和预警具有非常重要的意义。

本研究采用高通量宏转录组学的方法对来自中国20个省份的1941只“野味”动物展开了大规模系统的病毒组调查。覆盖五个哺乳动物类群：啮齿目、有鳞目、食肉目、猬形目和兔形目，包括豪猪、竹鼠、土拨鼠、果子狸、貉和穿山甲等（图1）。该方法能够快速有效地揭示这些不同来源样本中已知和未知的病毒病原体，并通过生物信息学分析筛选“威胁人类健康”的病原体，大大提高了新病毒和已知病毒发现的效率。

图1 本研究涉及的“野味”动物种类和地域分布

基于这种方法，本研究一共鉴定到102种能感染哺乳动物的病毒，其中包括65种之前从未被报道过的新病毒，这些病毒的多样性覆盖13个病毒科。其中尤其值得关注的是多种人畜共患病病毒（图2）。例如，本研究在流鼻涕的狗獾和健康的果子狸中都发现了禽流感H9N2的存在，腹泻的果子狸样本中发现了诺如病毒，多疾病并发的穿山甲样本中发现了人副流感病毒（II型），以及腹泻的貉中发现了轮状病毒以及犬冠状病毒等等，其中本研究发现犬冠状病毒有多重重组历史，与最近报道的来自马来西亚和海地的可导致人类疾病的重组CCoV毒株具有93.65-94.27%的基因组一致性。以上结果表明人与“野味”动物之间的密切交流可造成“野味”动物到人或者人到“野味”动物的双向的病原传播和交流。

此外，本研究还发现一些病毒可以在不同类别的野生和“野味”动物之间传播，比如在腹泻的果子狸样本中鉴定到一种来源于蝙蝠的alpha冠状病毒BtCoV-HKU8，这表明该病毒已经克服了宿主屏障完成了从自然宿主（蝙蝠）跨物种传播到中间宿主（果子狸）的过程，下一阶段极可能会通过进一步变异重组成为新的人类病原体。尽管如此，SARS-CoV 和SARS-CoV-2相关的病毒序列并未在该研究的动物样本中检测到。

图2 “野味”动物携带病毒组的多样性

在鉴定到的102种脊椎动物相关病毒中，其中有21种病毒被认定为“高危”病毒，这些病原体或者是已知的人兽共患病原体或者表现出较高的跨物种传播能力，是新发再发传染病防范的重点目标。而不同种类的“野味”中，果子狸是所有物种中携带“高危”病毒数量最多的物种，且这些“高危”病毒在不同“野味”动物中也存在频繁的跨物种传播现象（图3）。