你做的多组散点图是不是丢失信息了！？
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2024-07-24 21:00
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高颜值免费在线绘图有个散点图工具，很好用。
假设有下面一组差异基因数据（基因的名字列没有展示），前两列显示的是表达倍数差异，第三列显示的是基因的分组信息。
表头可以是任意合法的字符串，列的顺序也没有限制。
log2FoldChange_X log2FoldChange_Y Set_C
2.091 0.269 Diff_0
-2.645 -1.6 Diff_1
-1.837 -0.816 Diff_3
1.23 0.686 Diff_1
-3.785 -1.18 Diff_2
-1.877 -0.956 Diff_3
-2.137 -0.42 Diff_3
-4.332 -2.028 Diff_3
-1.563 -0.788 Diff_3
-1.658 -0.503 Diff_3
-1.088 -0.453 Diff_3
1.071 1.151 Diff_1
-1.368 -0.839 Diff_3
-5.98 -2.978 Diff_3
1.183 0.094 Diff_1
-5.501 -4.017 Diff_3用这个数据绘制散点图，应该怎么做呢？
按下图粘贴数据、点击 Check Data，选择参数
点击提交，获得结果
这个图有 2 个问题：
图例里面多了一个 NA，说明我们的分组有一个或多个数据为空。
这个可以在 Excel 中查看，如下图
2. 紫色的点覆盖了其它颜色的点，掩盖住了信息。
这个怎么解决呢？
给点设置透明色
单独给第一个点设置颜色，给透明度看看效果。
为了保持颜色统一，我们通过取色器获得这些颜色。
第一张图是设置第一个颜色为透明色，第二个颜色是正常颜色，后面的颜色设置没有展示，也都是正常颜色。
为了方便设置颜色的顺序，这里首先选择了Color variable order，也顺便把 NA 值的数据给过滤掉了；
然后设置了 5 个颜色，如图，第一个颜色明显的浅很多。
提交后获得结果如下，从图中可以看到确实 Diff_0组的点盖住了其它点，那能不能调下顺序，把Diff_0组的点调到最下面呢？
控制不同组的点绘制的顺序
绘图时默认每个组绘制的顺序取决于组第一次出现的顺序，如我们示例数据Diff_0是第 1 条，则这个组的点出现在图的最上面，覆盖其它点；
然后是Diff_1, Diff_3, Diff_2, Diff_4。
如果你想让Diff_0出现在最底部，把第一行数据后移，保证前面的行中Diff_1, Diff_3, Diff_2, Diff_4都出现过 1 次。
这是一个方法。
不过我们对程序做了更新，可以通过Color variable order来控制点的绘制顺序，与图例的顺序保持一致。
图例中第一组点出现在最上面，然后是第二、三、四组点。
在Color variable order下拉框中，按顺序选择Diff_1, Diff_2, Diff_3, Diff_4, Diff_0，最终效果如下图：
然后点击提交，看到不一样的模式出来了。
Diff_1, Diff_2, Diff_3, Diff_4 4 组的模式呈现了出来。
Diff_0放到了最下面。
通过分面解决点的重合
有时如果你不知道数据是不是被覆盖了，怎么办？
我们也可以设置分面，看下每一组数据的分布规律，再决定绘制顺序。
黄色高亮的参数是我们设置的参数，如下图：
点击提交后，看结果，整体分布模式与把Diff_0放在最下面出现的分布模式是一致的。