根据最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十五条规定，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。

可见，经济补偿属于可以由劳动者和用人单位自主协商的事项范围。除有法定的可撤销的情形外，在双方基于真实意思表示的情况下达成合意的，应当遵循尊重和保护意思自治原则，协议自生效之日起对双方均具有约束力。

同时，《离职协议书》第4条约定了杜某离职后的保密义务，并约定“保密费包含在经济补偿中”。作为计算机公司的常务副总裁，杜某离职后的保密义务与计算机公司的利益密切相关，计算机公司正是因此才在《离职协议书》中重申了杜某的保密义务。

同时根据双方签订的劳动合同，杜某离职后的保密义务期限为自离职之日起两年，计算机公司将在杜某办理完离职手续后一次性支付保密费。因此，《离职协议书》中约定的经济补偿款并不单纯仅指解除劳动合同的经济补偿，还包括了杜某离职后应得的保密费。

即使如计算机公司所称，该经济补偿为解除劳动合同的经济补偿，《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条、第四十七条关于经济补偿支付情形及支付标准的规定，不属于强行法范畴，劳动者与用人单位的约定高于法定标准，属于对其自身权利的自主处分，除有法定的可撤销的情形外，合法有效，当事人应当自觉履行。

一方面，重大误解一般指的是意思表示人因对内容产生误解而作出了与本意相悖的意思表示，错误认识与意思表示存在因果关系。劳动者因个人原因离职不属于用人单位应当支付经济补偿的情形，并非新法规定。计算机公司成立于1993年，属于知名企业，其理应具备专业、成熟的人事管理体系，应当知晓1995年实施的《中华人民共和国劳动法》以及2008年实施的《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。计算机公司主张对相关法律法规存在重大误解，缺乏合理性。同时，计算机公司亦未提交证据证明对《离职协议书》中约定的经济补偿存在重大误解、违背其本意，应承担举证不能的不利后果。

最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十五条规定，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。