这些基因的名字太有才了,研究一下都可以发10分文章

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2021-07-09 01:21

2019/10/03 修改版:这篇刚发的时候,评论里有老师补充了3个fun gene names,这次添加在了文末的表格中。时间一直在走,一个月,六个月,十年,七十年,仿佛过了很多年,感觉却只有一瞬间,新关注的朋友很多,所以想着做个“旧文新看 ”,之后也会有类似文章,欢迎各位评论,分享想法。

作为一个人的代号,名字既可以像朱元璋一样突显自我,也可以像朱重八一样只是父母年龄叠加,基因名类似。虽然在生物研究尤其是基因项目中不断有许多新基因出现,但研究历史可以追溯到孟德尔时期的基因直到1905年才正式有了gene的术语。为了更好的研究和描述基因的功能,基因名的确定一直为人津津乐道——一般遵从先发现先命名,由发现者决定,之后可能由各种缘由加成确定。

现在的基因名通常联系一些突变表型,例如基因Callipyge(双臀肌基因),在绵羊中发生突变的话,病变体臀部会变得肌肉结实,但也有仅描述实验相关的名字,比如nBAF 45BAF 47反映的是产品分子量的变化。另外,基因名大致可以分为四大类和十一子类。具体如图:

描述如下:

M类:明确反映基因的潜在特征,有三个子集。

  • M-scientific:这是一个描述内容最仔细的子类。虽然有时会出现奇怪的简写,但是本体意义一眼明了,比如荧光素酶-Luciferase(LRE),光产生器的生物成分名都有合起来是lucife的根,在拉丁语中是“光明使者”的意思,因此不难理解LRE

  • M-literal: 用通感、比喻等文学性语言修饰基因特性。例如基因Sonic Hedgehog(SHH)编码产生Sonic hedgehog(Shh)分泌蛋白,介导脊索和底肋板之间信号传导活动,从而导致苍蝇胚胎病变,并长出类似棘刺的东西,和刺猬相像,而Sonic(竞速游戏 刺猬索尼克)作为刺猬界的大佬在这里出现似乎合情合理。

  • M-embed: 和M-literal一样会采用类文学语言,但会相对嵌上一些流行文化、历史或者文学因素,比如Spock基因发生突变时斑马鱼的内耳会变成梨形,正像了星际迷航中的瓦肯星人,而强大的“混血”人Spock数年来一直为人追捧,出现这个名字是绝对的真实追星现场。

~M类:拥有三个大类并且名字完全不传达基因个体本身信息,发生这种现象的原因多种多样。

  • ~M-nr:名字与基因潜在作用没有任何相关性,来源多是生物学家们的奇思妙想。例如果蝇的yippee基因其实是根据一个研究生对克隆这个基因的自然反应得到的。(yippee开心的意思,克隆出新基因,很高兴的事情)

  • ~M-irrel:这个类别的名字缩写呈现难以言喻的笑果(虽然和突变特征没有丝毫关系),比如上图中的基因RING(a really interesting new gene),它的结构域是锌指类型的蛋白质结构域,而许多含有RING finger的蛋白质在泛素化途径中起着相当关键的作用,起这个名的人大概觉得这真的很有趣。(不过从另外一个角度,锌指蛋白的结构也像一枚戒子)

  • ~M-outside:由于外界施压重生的名字,比如POKEMON(POK Erythroid Myeloid Ontogenic factor),是一种其他癌基因引发癌症必需的癌转换基因,但是有着Pokémon(宠物小精灵)特许经营权的任天堂不希望与癌症相关,因此现在已经变成了无聊的Zbtb7

T类:多基因的命名转变到其他领域

  • T-relation:除了保留名称之间的内部关系,特征关系也经由整个系统传达出来,尤其是还通过了转换系统内指定的名称实现,例如Grim and Reaper(死神)两个基因相互作用时会减短苍蝇的生命周期。

  • T-norelation:名称之间的任何内部关系在应用于基因时丢失,且名字的含义仅和整个转换系统相关。

P类:P类有三个子集且和多基因命名相关,在样本规模大的生物命名法中很容易出现问题。**

  • P-clash:发生在属于同系物但名字相互没有关系的基因间,比如基因PKD 1(人)和基因LOV-1(蠕虫)是同系物,基因相似但名称之间完全没有关系。

  • P-confusion:不同基因具有相同名称或者一个基因有多个名字都会让人混淆,例如jolly基因(全名:肿瘤坏死因子受体亚家族,成员1B)又称TNFR2TNFBRTNFR-75kDTNFR-80 kDp75TNFRp75CD120b

  • P-defunct:名字对应的功能或特征被证实不符或容易产生误导。如 对应老鼠中同一基因的BAF45和BAF47,现在因为对产品分子量的矛盾估计已经改叫Ini 1。


通过上面的基因名分类不难发现单基因名由于和实意联系更容易产生趣味,这些归功于科学家的幽默无与伦比,看看这些图能猜到对应的基因名字吗?

图1

图2

图3

图4

图5

图6


图7



图8


对于其他的fun gene names 还有着以下介绍,让我们一起看看还有哪些惊艳的基因名:

Gene来源
Boss gene (Bride Of Sevenless)是果蝇复眼中R7细胞发育必须的蛋白Sevenless的配体,Boss因与其结合而得名。“夫妻”合作的结果是苍蝇视网膜上R8光受体神经元可以诱导相邻细胞并通过细胞接触呈现R7细胞命运。
Brainiac(动画片Pinky and the Brain里的聪明老鼠Brain)果蝇的这条基因变异会使得脑部发达,正可以解释遗传性大头
Cabernet, Chardonnay, and Riesling(红葡萄酒,白葡萄酒,干白葡萄酒中的三种品牌)斑马鱼含这三种任意基因的话,血细胞量会低于正常值且颜色也会与酒的颜色映衬
Da拟南芥中控制植物种子和器官大小的基因。(跟我一起读:大)
Dracula(吸血鬼德古拉)斑马鱼中的突变体会对光敏感,暴露在光线下会出现几种影响皮肤和内脏器官的遗传性疾病的症状。见光死的特性类似传说中的吸血鬼图一
Hamlet影响果蝇 IIB细胞后代细胞的发育,是决定了“To be or not to be‘’的基因界哈姆莱特。
hu-li tai shao (hts)(跟我一起读:护理太少, too little nursing) 和果蝇卵母细胞中ring canal的形成有关,控制或编码肌动蛋白结合蛋白的基因。
Indy (I’m Not Dead Yet)其功能与Kreb cycle的中间代谢产物之运送有关,最开始的研究发现其突变体有更长的寿命,因此得此名。后来又有研究不太支持这一结论
Jordan element迈克尔乔丹,因为它具有跳跃简单植物-团藻的基因组的非凡能力。
Ken and Barbie(肯和芭比娃娃)该基因调节果蝇外生殖器发育,发生突变的果蝇没有外生殖器,而关于芭比娃娃,只能说这想象力也没谁了
LEUNIG和 SEUSS以漫画家LEUNIG(用漫画讽刺过澳洲的儿童保育服务,作品探索精神和宗教信仰,带有一定政治色彩)和SEUSS(儿童文学作家,政治漫画家)命名的两个拟南芥基因,大概两人都对儿童发展有所影响,而这两基因恰好共同作用调节花的发育
Maggie突变后发育停滞,像the Simpsons中十五年如一日的Maggie。(脑洞下如果取名字的是日漫迷得话大概得叫“Conan”图二
PENNYWISE以加州朋克摇滚乐队命名的拟南芥基因,和POUND-FOOLISH基因一起发挥作用
Superman拟南芥基因,突变失活后花长出额外的雄蕊。Clark Kent是中等程度superman突变,Kryptonite抑制superman的功能。在DC漫画中, superman和Clark kent都是超人,Kryptonite氪石,一种绿色结晶物质,可使超人衰弱和生病。图三
Swiss Cheese突变体大脑中有洞,像瑞士奶酪!图六
Tinman突变体果蝇无心脏,来源于绿野仙踪中的Tin man铁皮人,缺少心脏图四
Van Gogh(梵高)发生在两个基因中的突变,突变成年果蝇的翅膀纹路两极发展且形状类漩涡,图案就像梵高的《星夜》图五
Wukong, Wujin, Wuneng(跟我一起读:悟空、悟净、悟能)黄热病蚊子中的转座子元件,是微型反向重复转座元件,可能与调控基因的进化有关。
hERG (the human Ether-à-go-go-Related Gene)该基因突变的果蝇在乙醚麻醉处理后,它们的腿就开始颤抖,就像当时流行的威士忌摇摆舞(Whisky A Go-Go)
huluwa该基因定位于斑马鱼基因组第21号染色体,是一个母系来源的跨膜蛋白,可通过稳定β-catenin信号诱导脊椎动物胚胎背侧组织中心和体轴的形成,发生突变的斑马鱼突变体呈“葫芦”形状,是“葫芦娃”本娃没错图七
MHZ基因该基因对应于水稻乙烯反应突变体“mao hu zi ”,名字大概起源于“Ma He Zhang ”(该突变体由中科院遗传发育所张劲松课题组的马彪老师摸索筛选得到),而想到“猫胡子”这样的名字,大概两位学者可能也是MHZ(萌汉子)图八


还有哪些有趣的基因名字,欢迎留言讨论。


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