一文带你学习Homer3的简介和使用

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其实在撰写本文时，也曾有些犹豫，对于Homer3的使用，在之前的推文中也曾写过，那么为什么今天又来写呢？因为我看到了大家对Homer2的执著，虽然我也看到大家一直在付费学习Homer2的教程，但是从技术更新发展的角度发展来看，Homer2已经是落后的了，它的官网已经不再维护了，我更推荐大家来关注Homer3的使用。

Homer3简介

Homer = Hemodynamic Optical Metabolic Evoked Responses

Homer3 有非常直观和清晰结构的GUI界面，新用户很快就能了解并可以进行处理 fNIRS 数据。Homer3 的主要功能包括：能够运行处理.snirf 文件；三个层次的分析，即run（session）、subject和Group分析；处理函数最常用于为每个分析级别建立过程；run/subject/group处理函数；可导出subject和Group的血流动力学反应函数 (HRF)。

Homer3是基于Matlab平台运行的开源软件，用于分析fNIRS时间序列数据。

Homer3与Homer2的区别？

1、相当于升级版软件；

2、界面更简洁化；

3、模块更清晰；

4、启用了新的数据格式.snirf文件格式

软件下载地址：

https://github.com/BUNPC/Homer3

安装（两种方式）：

1、电脑上已经安装了MATLAB平台，官网上建议是64位的MATLAB R2017b。下载好安装包后通过set paths将安装包添加到路径下，在command窗口输入Homer3即可打开。

2、电脑上没有MATLAB平台，通过下载的安装中的Install文件夹中的setup文件进行安装。

window下双击setup.bat进行安装；

Mac下双击setup.command进行安装。

软件界面:

主界面

这是主界面显示，此界面是最常使用的，包括通道排布，信号显示、处理、伪迹手动剔除等。

刺激模块界面

包括编辑marker信号，尤其是Hitachi和shimazdu的数据通过代码转换后，就会失去marker信息，因此需要在此界面进行手动的添加。

函数处理界面

函数参数修改界面

通道探头信息界面

数据处理过程简介：

fNIRS处理步骤的文章，我在之前也写过，推荐大家阅读文章《近红外数据处理过程》，在本篇文章中基于Homer3的过程，我将介绍基本的数据流程过程。

数据格式转换：

目前Homer3仅支持格式snirf，它可以由.nirs格式直接转换得到，因此，针对市面上的近红外数据，最基本的 是 需要转换成.nirs格式。可参考Homer2中的转换代码进行（Hitachi、shimazdu以及NIRx等）。

导入数据：

要加载数据，需要将MATLAB的路径导航到数据文件夹中，或添加数据文件夹到MATLAB路径下。

单个.snirf 文件在 Homer3 中被称为 Run。运行处理可以实验group、subject或run进行，具体取决于在 GUI 所做的选择。添加Homer3的包添加到MATLAB路径下，然后在命令窗口输入”Homer3“即会在该路径下寻找.snirf文件，如果没有则寻找.nirs，它会询问你是否转换为.snirf文件，点击yes，然后它还会寻找一个操作过程中的配置文件”.cfg“，第一次没有，点击取消，保存默认文件即可，最后就会弹出主界面，并在 左下角显示是否导入数据成功。