【关于 Faiss 】 那些的你不知道的事
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2021-02-18 04:11
作者：杨夕
本文链接：https://github.com/km1994/nlp_paper_study
论文名称：Billion-scale similarity search with GPUs
论文链接：https://arxiv.org/abs/1702.08734
官方源码地址：https://github.com/facebookresearch/Faiss
个人介绍：大佬们好，我叫杨夕，该项目主要是本人在研读顶会论文和复现经典论文过程中，所见、所思、所想、所闻，可能存在一些理解错误，希望大佬们多多指正。
【注：手机阅读可能图片打不开！！！】
目录
一、动机篇
1.1 传统的相似度算法所存在的问题？
传统的相似度算法（欧几里得距离、曼哈顿距离、明可夫斯基距离、余弦相似度等[1]）在计算向量相似度时，效率低下；
传统的相似度算法（欧几里得距离、曼哈顿距离、明可夫斯基距离、余弦相似度等[1]）在计算向量相似度时，不支持 GPU 计算；
二、介绍篇
2.1 什么是 Faiss ？
Faiss是针对稠密向量进行相似性搜索和聚类的一个高效类库。
它包含可搜索任意大小的向量集的算法，这些向量集的大小甚至都不适合RAM。
它还包含用于评估和参数调整的支持代码。
Faiss用C ++编写，并且有python2与python3的封装代码。
一些最有用的算法在GPU上有实现。
Faiss是由Facebook AI Research开发的。
2.2 Faiss 如何使用？
Faiss 的使用方式可以分为三个步骤：
构建训练数据以矩阵的形式表示，比如我们现在经常使用的embedding，embedding出来的向量就是矩阵的一行。
为数据集选择合适的index，index是整个Faiss的核心部分，将第一步得到的训练数据add到index当中。
search，或者说query，搜索到最终结果。
2.3 Faiss原理与核心算法
Faiss的主要功能是对向量进行相似搜索。
具体介绍：就是给定一个向量，在所有已知的向量库中找出与其相似度最高的一些向量；
本质：是一个KNN(K近邻)问题，比如google的以图找图功能。根据上面的描述不难看出，Faiss本质是一个向量(矢量)数据库，这个数据库在进行向量查询的时候有其独到之处，因此速度比较快，同时占用的空间也比较小。
三、Faiss 实战篇
3.1 Faiss 如何安装？
# 更新conda
conda update conda
# 先安装mkl
conda install mkl
# faiss提供gpu和cpu版，根据服务选择
# cpu版本
conda install faiss-cpu -c pytorch
# gpu版本 -- 记得根据自己安装的cuda版本安装对应的faiss版本，不然会出异常。使用命令：nvcc -V 查看
conda install faiss-gpu cudatoolkit=8.0 -c pytorch # For CUDA8
conda install faiss-gpu cudatoolkit=9.0 -c pytorch # For CUDA9
conda install faiss-gpu cudatoolkit=10.0 -c pytorch # For CUDA10
# 校验是否安装成功
python -c "import faiss"
【注：这里小编尝试过多次 window 安装，最后都失败，最后Google了一下，发现Faiss不支持 window 系统！】
3.2 Faiss 的索引Index有哪些？
Faiss中最重要的是索引 Index
为什么要创建索引？
Faiss 创建索引对向量预处理，提高查询效率
Faiss中的稠密向量各种索引都是基于 Index实现的，主要的索引方法包括：IndexFlatL2、IndexFlatIP、IndexHNSWFlat、IndexIVFFlat、IndexLSH、IndexScalarQuantizer、IndexPQ、IndexIVFScalarQuantizer、IndexIVFPQ、IndexIVFPQR等。每个方法的具体介绍见：
3.3 Faiss 的索引Index都怎么用？
3.3.1 数据预备
创建训练数据和测试数据
代码：
import numpy as np
d = 64 # dimension
nb = 100000 # database size
nq = 10000 # nb of queries
np.random.seed(1234) # make reproducible
xb = np.random.random((nb, d)).astype('float32')
xb[:, 0] += np.arange(nb) / 1000.
xq = np.random.random((nq, d)).astype('float32')
xq[:, 0] += np.arange(nq) / 1000.
解析：
训练集 xb：[100000,64]
查询数据集 xq：[10000,64]
3.3.2 暴力美学 IndexFlatL2
介绍：暴力检索 L2 距离的索引；
方式：全量搜索
流程：
创建索引
import faiss # make faiss available
index = faiss.IndexFlatL2(d) # build the index
print(index.is_trained)
注：创建索引时必须指定向量的维度d。大部分索引需要训练的步骤。IndexFlatL2 跳过这一步。
当索引创建好并训练(如果需要)之后，我们就可以执行 add 方法，add方法一般添加训练时的样本；
添加 训练集
index.add(xb) # add vectors to the index
print(index.ntotal)
寻找相似相似向量
包含向量的索引后，就可以传入搜索向量查找相似向量，search就是寻找相似相似向量了。
k = 4 # we want to see 4 nearest neighbors
D, I = index.search(xq, k) # actual search
print(I[:5]) # neighbors of the 5 first queries
print(D[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
>>>
[[ 0 393 363 78]
[ 1 555 277 364]
[ 2 304 101 13]
[ 3 173 18 182]
[ 4 288 370 531]]
[[ 0. 7.17517328 7.2076292 7.25116253]
[ 0. 6.32356453 6.6845808 6.79994535]
[ 0. 5.79640865 6.39173603 7.28151226]
[ 0. 7.27790546 7.52798653 7.66284657]
[ 0. 6.76380348 7.29512024 7.36881447]]
注：
D：numpy array对象，表示与相似向量的距离(distance)，维度
I：numpy array对象，表示相似用户的ID
存在问题：虽然查询速度高于 传统相似度计算方法，但是速度还是太慢
3.3.3 闪电侠 IndexIVFFlat
引言：暴力美学 IndexFlatL2 查询速度太慢了
介绍：IndexIVFFlat 是一种 加速索引方法，其所用的方法 为倒排法；
方式：
先聚类再搜索，可以加快检索速度，先将xb中的数据进行聚类（聚类的数目是超参）
nlist: 聚类的数目；
nprobe: 在多少个聚类中进行搜索，默认为1, nprobe越大，结果越精确，但是速度越慢
流程：
使用K-means建立聚类中心；
然后通过查询最近的聚类中心；
最后比较聚类中的所有向量得到相似的向量
代码：
定义索引 和 聚类簇数
nlist = 100 #聚类中心的个数
k = 4
quantizer = faiss.IndexFlatL2(d) # the other index
index = faiss.IndexIVFFlat(quantizer, d, nlist, faiss.METRIC_L2)
# here we specify METRIC_L2, by default it performs inner-product search
注：创建IndexIVFFlat时需要指定一个其他的索引作为量化器(quantizer)来计算距离或相似度。
参数介绍：
faiss.METRIC_L2: faiss定义了两种衡量相似度的方法(metrics)，分别为faiss.METRIC_L2、faiss.METRIC_INNER_PRODUCT。一个是欧式距离，一个是向量内积。
nlist：聚类中心的个数
添加 训练集
index.train(xb)
assert index.is_trained
index.add(xb) # add may be a bit slower as well
注：与 IndexFlatL2 对比，在 add 方法之前需要先训练
寻找相似相似向量
包含向量的索引后，就可以传入搜索向量查找相似向量，search就是寻找相似相似向量了。
D, I = index.search(xq, k) # actual search
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
index.nprobe = 10 # default nprobe is 1, try a few more
D, I = index.search(xq, k)
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
参数介绍：
k：查找最相似的k个向量
index.nprobe：查找聚类中心的个数，默认为1个。
3.3.4 内存管家 IndexIVFPQ
动机：索引IndexFlatL2和IndexIVFFlat都会全量存储所有的向量在内存中，如果数据量是海量级别的时候，怎么办呢？
介绍：IndexIVFPQ 基于Product Quantizer(乘积量化)的压缩算法编码向量大小到指定的字节数的索引算法，存储的向量时压缩过的，查询的距离也是近似的。关于乘积量化的算法可自行搜索。
方式：基于乘积量化（product quantizers）对存储向量进行压缩，节省存储空间
m：乘积量化中，将原来的向量维度平均分成多少份，d必须为m的整数倍
bits: 每个子向量用多少个bits表示
代码：
定义索引 和 聚类簇数
nlist = 100
m = 8 # number of bytes per vector
k = 4
quantizer = faiss.IndexFlatL2(d) # this remains the same
index = faiss.IndexIVFPQ(quantizer, d, nlist, m, 8)
# 8 specifies that each sub-vector is encoded a
注：之前我们定义的维度为d = 64，向量的数据类型为float32。这里压缩成了8个字节。所以压缩比率为 (64*32/8) / 8 = 32
添加 训练集
index.train(xb)
index.add(xb)
注：与 IndexFlatL2 对比，在 add 方法之前需要先训练
寻找相似相似向量
包含向量的索引后，就可以传入搜索向量查找相似向量，search就是寻找相似相似向量了。
D, I = index.search(xb[:5], k) # sanity check
print(I)
print(D)
index.nprobe = 10 # make comparable with experiment above
D, I = index.search(xq, k) # search
print(I[-5:])
>>>
[[ 0 608 220 228]
[ 1 1063 277 617]
[ 2 46 114 304]
[ 3 791 527 316]
[ 4 159 288 393]]
[[ 1.40704751 6.19361687 6.34912491 6.35771513]
[ 1.49901485 5.66632462 5.94188499 6.29570007]
[ 1.63260388 6.04126883 6.18447495 6.26815748]
[ 1.5356375 6.33165455 6.64519501 6.86594009]
[ 1.46203303 6.5022912 6.62621975 6.63154221]]
3.4 Faiss 然后使用 GPU？
注：并不是所有的索引都支持 GPU，所以在使用之前建议 查阅一下 Basic indexes
可通过faiss.get_num_gpus()查询有多少个gpu
ngpus = faiss.get_num_gpus()
print("number of GPUs:", ngpus)
单 GPU
res = faiss.StandardGpuResources() # use a single GPU, 这个命令需要安装Faiss GPU 版本
# build a flat (CPU) index
index_flat = faiss.IndexFlatL2(d)
# make it into a gpu index
gpu_index_flat = faiss.index_cpu_to_gpu(res, 0, index_flat)
gpu_index_flat.add(xb) # add vectors to the index
print(gpu_index_flat.ntotal)
k = 4 # we want to see 4 nearest neighbors
D, I = gpu_index_flat.search(xq, k) # actual search
print(I[:5]) # neighbors of the 5 first queries
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
多 GPU
ngpus = faiss.get_num_gpus()
print("number of GPUs:", ngpus)
cpu_index = faiss.IndexFlatL2(d)
gpu_index = faiss.index_cpu_to_all_gpus(cpu_index) # build the index
gpu_index.add(xb) # add vectors to the index
print(gpu_index.ntotal)
k = 4 # we want to see 4 nearest neighbors
D, I = gpu_index.search(xq, k) # actual search
print(I[:5]) # neighbors of the 5 first queries
print(I[-5:]) # neighbors of the 5 last queries
四、 Faiss 对比篇
4.1 sklearn cosine_similarity 和 Faiss 哪家强
方法一：使用 sklearn 中的 cosine_similarity
# encoding utf8
import pandas as pd
import csv
import numpy as np
import sys
from sklearn.metrics.pairwise import cosine_similarity
# sys.path.append('../')
# 自定义 包
from tools.loader import loadDict,saveDict,dictCutBatchSave,dictLoadMerge
from tools.bert_tools import Bert_Class
bertModel = Bert_Class()
from tools.common_tools import timer
commonPath = "data/"
inf = commonPath+"resource/"
dataType = ""
fileName = f"medQA.valid.txt"
QueAnsFileName = f"QueAns{dataType}"
query = "睡前练瑜伽好吗睡觉之前练习40分钟的瑜伽好吗、能起到瘦身的作用吗？"
topN = 20
# 使用 sklearn cosine_similarity 方法 计算相似度
def use_sklearn_get_sim_query(query,training_vectors,topN):
# step 1：测试文本 转 bert sent
test_vecs = bertModel.get_vec_to_sent(query).astype('float32')
# step 2：计算 相似度
print("------------sklearn-------------")
ag=cosine_similarity(test_vecs,training_vectors)
# step 3：排序
fe=np.sort(ag,axis=1)
fe_index = np.argsort(ag,axis=1)
score_list = fe[0].tolist()
index_list = fe_index[0].tolist()
score_list.reverse()
index_list.reverse()
# step 4：取 Top N
return index_list[:topN],score_list[:topN]
training_vectors = np.load(f"{inf}training_vectors.npy")
id2QusAns = loadDict(inf,QueAnsFileName)
index_list,score_list = use_sklearn_get_sim_query(query,training_vectors,topN)
for index,score in zip(index_list,score_list):
print(f"index:{index} => query:{id2QusAns[index]}:{score}\n")
方法二：Faiss
# encoding utf8
import pandas as pd
import csv
import numpy as np
import sys
import faiss
from faiss import normalize_L2
# sys.path.append('../')
# 自定义 包
from tools.loader import loadDict,saveDict,dictCutBatchSave,dictLoadMerge
from tools.bert_tools import Bert_Class
bertModel = Bert_Class()
from tools.common_tools import timer
commonPath = "data/"
inf = commonPath+"resource/"
dataType = ""
fileName = f"medQA.valid.txt"
QueAnsFileName = f"QueAns{dataType}"
query = "睡前练瑜伽好吗睡觉之前练习40分钟的瑜伽好吗、能起到瘦身的作用吗？"
topN = 20
# 使用 sklearn cosine_similarity 方法 计算相似度
def use_faiss_get_sim_query(query,training_vectors,topN,d=768):
# step 1：测试文本 转 bert sent
test_vecs = bertModel.get_vec_to_sent(query).astype('float32')
# step 2：计算 相似度
print("------------faiss-------------")
print('normalize_L2')
normalize_L2(training_vectors)
normalize_L2(test_vecs)
print('IndexFlatIP')
index=faiss.IndexFlatIP(d) # the other index，需要以其他index作为基础
index.train(training_vectors)
print(f"training_vectors.shape:{training_vectors.shape}")
print(index)
print('train')
print(index.is_trained)
print('add')
print(index)
index.add(training_vectors)
print('search')
print(f"test_vecs.shape:{test_vecs.shape}")
D, I =index.search(test_vecs, topN)
print(f"I:{I}") # 表示最相近的前5个的index
print(f"D:{D}") # 表示最相近的前5个的相似度的值
# step 3：排序
score_list = D.tolist()[0]
index_list = I.tolist()[0]
# step 4：取 Top N
return index_list,score_list
training_vectors = np.load(f"{inf}training_vectors.npy")
id2QusAns = loadDict(inf,QueAnsFileName)
index_list,score_list = use_faiss_get_sim_query(query,training_vectors,topN)
for index,score in zip(index_list,score_list):
print(f"index:{index} => query:{id2QusAns[index]}:{score}\n")
分析：
从预测结果角度看，两者结果雷同；
从计算速度角度看：当 数据集 特别大时，Faiss 秒杀 sklearn cosine_similarity
参考资料
常用的相似度计算方法原理及实现
Faiss从入门到实战精通
Faiss 教程
Faiss 用法
Basic indexes
