FFCV:让数据加载不再是训练模型的瓶颈
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2022-02-13 14:10
前段时间逛GitHub看到FFCV这个库，该库主要是优化数据加载过程来提升整体训练速度。其中也放出了一些benchmark，看上去比其他优化库如DALI，PyTorch Lightening要快的不少。
一方面自己是搞框架的，数据加载优化是其中一部分重头戏；另一方面是PyTorch的数据加载速度也被诟病很久，毕竟面对的是研究人员，大部分人都是直接opencv, PIL一把梭哈数据预处理，我也很好奇如果好好写这部分能对PyTorch的速度提升多少，遂写这篇文章想分析分析（如有分析不对的地方还望指正）。
代码地址：https://github.com/libffcv/ffcv
使用文档：https://docs.ffcv.io/index.html
Reddit相关讨论：https://www.reddit.com/r/MachineLearning/comments/s781sr/p_ffcv_accelerated_model_training_via_fast_data/
快速上手
这里以提炼官方文档为主
制作数据集
https://docs.ffcv.io/writing_datasets.html
FFCV数据集是一个自定义格式.beton，所以第一步就需要将你的数据集转换成该格式。
这里我们以制作可索引数据集为例，首先创建一个支持索引的Dataset对象，你需要重写__getitem__和__len__方法
import numpy as np
class LinearRegressionDataset:
def __init__(self, N, d):
self.X = np.random.randn(N, d)
self.Y = np.random.randn(N)
def __getitem__(self, idx):
return (self.X[idx].astype('float32'), self.Y[idx])
def __len__(self):
return len(self.X)
N, d = (100, 6)
dataset = LinearRegressionDataset(N, d)
这里创建了一个数据集，里面样本数量有100个，每个X维度为6，而Y维度为1
接着调用DatasetWriter将你的Dataset写成.beton格式
from ffcv.fields import NDArrayField, FloatField
writer = DatasetWriter(write_path, {
'covariate': NDArrayField(shape=(d,), dtype=np.dtype('float32')),
'label': FloatField(),
}, num_workers=16)
write_path 数据集要写入的路径 字典，其中value项是你数据对应的一个Field对象。对应我们的数据集，每个X是一个ndarray，所以对应的是NDArrayField; 而Y则是一个浮点数，对应FloatField
使用DataLoader
制作好数据集我们就可以用了，这里的DataLoader其实是和PyTorch的很相似，使用方法如下
loader = Loader('/path/to/dataset.beton',
batch_size=BATCH_SIZE,
num_workers=NUM_WORKERS,
order=ORDERING,
pipelines=PIPELINES)
order 决定数据读取的顺序 pipelines 数据预处理的pipeline，我们可以把数据增广操作组合成一个pipeline传进来
pipeline一个组合示例如下：
image_pipeline: List[Operation] = [
SimpleRGBImageDecoder(),
RandomHorizontalFlip(),
torchvision.transforms.ColorJitter(.4,.4,.4),
RandomTranslate(padding=2),
ToTensor(),
ToDevice('cuda:0', non_blocking=True),
ToTorchImage(),
Convert(ch.float16),
torchvision.transforms.Normalize(MEAN, STD), # Normalize using image statistics
])
至此简单介绍到这儿，我们来看下背后涉及到的一些技术
其构造主要分为以下几个大块：
- libffcv 自己写的一套C扩展
- ffcv python库主体
|- fields 数据结构
|- loader 数据加载器
|- memory_manager 内存管理器
|- pipeline 数据处理流水线
|- transformer 增广操作
|- traversal_order 数据遍历顺序控制
libffcv
作者基于Python C扩展写了一些必要的函数，包括如memcpy,fileread,imdecode,resize
其中resize使用的是Opencv来做，而图片解码采用的是turbojpeg库
fields
fields是ffcv里的数据结构，每个dataset的一个数据，是由一个或多个fields组成，每个field需要实现各自的编码，解码逻辑，分别对应数据集的写入，读取操作。
以FloatField为例：
class FloatField(Field):
"""
A subclass of :class:`~ffcv.fields.Field` supporting (scalar) floating-point (float64)
values.
"""
def __init__(self):
pass
@property
def metadata_type(self) -> np.dtype:
return np.dtype(')
@staticmethod
def from_binary(binary: ARG_TYPE) -> Field:
return FloatField()
def to_binary(self) -> ARG_TYPE:
return np.zeros(1, dtype=ARG_TYPE)[0]
def encode(self, destination, field, malloc):
destination[0] = field
def get_decoder_class(self) -> Type[Operation]:
return FloatDecoder
loader
ffcv loader对标 PyTorch DataLoader：
class Loader:
def __init__(self,
fname: str,
batch_size: int,
num_workers: int = -1,
os_cache: bool = DEFAULT_OS_CACHE,
order: ORDER_TYPE = OrderOption.SEQUENTIAL,
distributed: bool = False,
seed: int = None, # For ordering of samples
indices: Sequence[int] = None, # For subset selection
pipelines: Mapping[str,
Sequence[Union[Operation, ch.nn.Module]]] = {},
custom_fields: Mapping[str, Type[Field]] = {},
drop_last: bool = True,
batches_ahead: int = 3,
recompile: bool = False, # Recompile at every epoch
):
我们挑几个重要的参数来说
os_cache 缓存策略 order 数据读取顺序 pipelines 数据预处理流水线，ffcv将所有的数据预处理集中到一个pipeline，然后借助JIT来加速相关处理操作 recompile 前面提到过他用JIT来加速预处理操作，当你每个epoch所对应的操作不一样，那么你就需要重新用JIT编译相关操作
memory_manager
这是一个内存管理对象，当数据集能够完全放进内存中时，则可以通过memory_manager设置相关策略，具体有两种策略。
一种是当内存充裕的时候，使用OS级别的cache，这里借助了np.memmap来完成虚拟内存和磁盘数据的映射，当出现缺页异常再执行相关的拷贝操作。
class OSCacheContext(MemoryContext):
def __init__(self, manager:MemoryManager):
self.manager = manager
self.mmap = None
@property
def state(self):
return (self.mmap, self.manager.ptrs, self.manager.sizes)
def __enter__(self):
res = super().__enter__()
if self.mmap is None:
self.mmap = np.memmap(self.manager.reader.file_name,
'uint8', mode='r')
return res
# ...
另一种则是用进程级别的cache，维护固定数量的page，每一个batch释放相关的page，并对下一轮的数据进行预取prefetch。
# We now find how many pages we need to keep in our buffer # We also determine where which page is going to reside next_slot = 0 page_to_slot = {} free_slots = set() # For each batch for b_id in range(len(pages_in_batch)): # First we free the pages that are leaving for page in leaving_at[b_id]: free_slots.add(page_to_slot[page]) # We use the prefetch timing here because we want to be able # To start prefetching ahead of time and not overwrite a slot # That is currently used for page in can_prefetch_at[b_id]: # Then we find a slot for the incoming pages if free_slots: # There is a slot available for this page slot = free_slots.pop() else: # We have to allocate a new slot because we ran out slot = next_slot next_slot += 1 page_to_slot[page] = slot return Schedule(next_slot, page_to_slot, can_prefetch_at, entering_at, leaving_at)
Pipeline
里面具体有分了几个小部分
Operation
这是一个定义数据预处理操作的基类，其中generate_code方法用于返回相关处理操作的代码，以便后续被jit编译加速
class Operation(ABC): def __init__(self): self.matadata: np.ndarray = None self.memory_read: Callable[[np.uint64], np.ndarray] = None pass # ... @abstractmethod def declare_state_and_memory(self, previous_state: State) -> Tuple[State, Optional[AllocationQuery]]: raise NotImplementedError
Compiler
顾名思义这是一个数据加载操作的"编译器"，其思路就是利用numba.njit来将相关预处理操作编译，进行加速
class Compiler: @classmethod def set_enabled(cls, b): cls.is_enabled = b @classmethod def set_num_threads(cls, n): if n < 1 : n = cpu_count() cls.num_threads = n set_num_threads(n) ch.set_num_threads(n) @classmethod def compile(cls, code, signature=None): parallel = False if hasattr(code, 'is_parallel'): parallel = code.is_parallel and cls.num_threads > 1 if cls.is_enabled: return njit(signature, fastmath=True, nogil=True, error_model='numpy', parallel=parallel)(code) return code
需要注意的是这里将fast_math默认开启，在一些浮点数的情形下可能会出现与普通计算不一致的情况（来自多年Loss对齐的惨痛教训）
然后我们看下 pipeline 主体代码，这是数据预处理的流水线，主要操作是：
解析流水线
传进来的是一系列Operation的组合，需要先调用declare_state_and_memory来分配Operation对应的state和所需memory：
def parse_pipeline(self, batch_size=16): memory_allocations: Mapping[int, Optional[Allocation]] = {} operation_blocs = [] current_state: State = self.original_state current_block = [] # We read the content of the pipeline, validate and collect # Memory allocations for op_id, operation in enumerate(self.operations): previous_state = current_state current_state, memory_allocation = operation.declare_state_and_memory( current_state) if current_state.jit_mode != previous_state.jit_mode: if current_block: operation_blocs.append((previous_state.jit_mode, current_block)) current_block = [op_id] else: current_block.append(op_id) memory_allocations[op_id] = memory_allocation if current_block: operation_blocs.append((current_state.jit_mode, current_block)) return operation_blocs, memory_allocations
编译Operation代码
这部分很简单，就是逐个调用每个Operation的generate_code方法
def compile_ops(self): compiled_ops = {} for op_id, operation in enumerate(self.operations): compiled_ops[op_id] = operation.generate_code() return compiled_ops
这部分设计感觉是借鉴自NVIDIA DALI的Pipeline设计，FFCV这里借助了numba的jit特性，免去了大部分算子开发，只用JIT的特性就获取高性能，并且也易于用户在python端自定义拓展数据预处理操作。
Transform
这里是数据增广操作部分，通过继承Operation类，来重写generate_code逻辑。
以常用的ImageMixup为例：
class ImageMixup(Operation): def __init__(self, alpha: float, same_lambda: bool): super().__init__() self.alpha = alpha self.same_lambda = same_lambda def generate_code(self) -> Callable: alpha = self.alpha same_lam = self.same_lambda my_range = Compiler.get_iterator() def mixer(images, dst, indices): np.random.seed(indices[-1]) num_images = images.shape[0] lam = np.random.beta(alpha, alpha) if same_lam else \ np.random.beta(alpha, alpha, num_images) for ix in my_range(num_images): l = lam if same_lam else lam[ix] dst[ix] = l * images[ix] + (1 - l) * images[ix - 1] return dst mixer.is_parallel = True mixer.with_indices = True return mixer def declare_state_and_memory(self, previous_state: State) -> Tuple[State, Optional[AllocationQuery]]: return (previous_state, AllocationQuery(shape=previous_state.shape, dtype=previous_state.dtype))
作者在Reddit上的一些讨论还提到了，他们实现了一个更快版本的NormalizeImage操作，对应的代码是在：https://github.com/libffcv/ffcv/blob/main/ffcv/transforms/normalize.py
实现具体分GPU和CPU版本，我们关注下GPU版本：
def __init__(self, mean: np.ndarray, std: np.ndarray, type: np.dtype): super().__init__() table = (np.arange(256)[:, None] - mean[None, :]) / std[None, :] # ... def generate_code_gpu(self) -> Callable: # We only import cupy if it's truly needed import cupy as cp import pytorch_pfn_extras as ppe tn = np.zeros((), dtype=self.dtype).dtype.name kernel = cp.ElementwiseKernel(f'uint8 input, raw {tn} table', f'{tn} output', 'output = table[input * 3 + i % 3];') final_type = ch_dtype_from_numpy(self.original_dtype) s = self def normalize_convert(images, result): B, C, H, W = images.shape table = self.lookup_table.view(-1) assert images.is_contiguous(memory_format=ch.channels_last), 'Images need to be in channel last' result = result[:B] result_c = result.view(-1) images = images.permute(0, 2, 3, 1).view(-1) current_stream = ch.cuda.current_stream() with ppe.cuda.stream(current_stream): kernel(images, table, result_c) # Mark the result as channel last final_result = result.reshape(B, H, W, C).permute(0, 3, 1, 2) assert final_result.is_contiguous(memory_format=ch.channels_last), 'Images need to be in channel last' return final_result.view(final_type) return normalize_convert
这里的思路其实很巧妙，首先table是一个查找表，根据你传来的mean和std，提前计算了0-255这256个像素值经过归一化后的值。
比如 mean = [127.5, 127.5, 127.5], std = [1, 1, 1]，那么得到的table shape为(256, 3)，其中256代表着uint8像素值从0-255，而3代表的是RGB三个通道，数据为
[[-127.5 -127.5 -127.5] # 像素值为0，RGB三个通道对应的normalized值 [-126.5 -126.5 -126.5] ...]
此时这个查找表是channel_last形式，我们用view把他展平：
table = self.lookup_table.view(-1)
基于表是channel_last形式，那对应的NCHW输入图片我们也要进行transpose，变成对应的NHWC并展平（我猜是为了后续访问连续，从而提升性能）：
images = images.permute(0, 2, 3, 1).view(-1)
然后就可以调用cupy的ElementwiseKernel，进行逐元素操作：
kernel = cp.ElementwiseKernel(f'uint8 input, raw {tn} table', f'{tn} output', 'output = table[input * 3 + i % 3];')
其中input是输入像素值，i是index，这里对3取余得到具体是 RGB 3个通道中的哪一个。
总结
FFCV这个库还是挺不错的，不需要很多HPC知识，不需要你会写算子，通过比较成熟的一些工具来实现数据加载的加速，兼顾了PyTorch DataLoader的灵活性，同时又有较高的性能。
这个库到现在已经有1.5k star了，不得不说PyTorch的生态实在是好，基于其衍生出来的拓展库层出不穷。但也侧面反应出一些问题，需要依靠社区的力量来去完善。这个库给我们带来了很多新思路，有兴趣的朋友可以试试。
