PCoA分析

一文学会PCA/PCoA相关统计检验(PERMANOVA)和可视化 详细论述了PERMANOVA 检验（也包括最基本的方差检验基础），PERMANOVA检验的问题，并提供了代码生成 PCoA+统计结果。

下面我们看下如何在线完成这个操作。

输入数据

输入数据支持 2 种，一种是标准化后的 OTU 表(太愁了！这个分析需要哪种数据？原始count？标准化？抽平？FPKM？TPM？)，一种是计算好的距离矩阵。

OTU 表

每一行为一个OTU，每一列为一个样品。

ID    Sample1    Sample2    Sample3    Sample4    Sample5    Sample6    Sample7    Sample8    Sample9    Sample10    Sample11    Sample12    Sample13    Sample14    Sample15    Sample16    Sample17    Sample18    Sample19    Sample20
OTU_1    1    3    0    0    2    2    2    0    0    4    0    0    0    0    0    0    2    0    0    0
OTU_2    0    0    4    8    0    0    0    4    3    0    0    4    5    4    4    7    0    0    0    5
OTU_3    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    2    0    3    0
OTU_4    0    2    7    2    0    0    0    5    3    0    0    8    5    0    0    4    0    0    0    0

如果给定 OTU 表，还可以进一步选择数据归一化方式、距离计算算法和是否加权等。

距离矩阵

每一行和每一列都是样品之间的距离。

bray_curtis    KO1    KO2    KO3    KO4    KO5    KO6    OE1    OE2    OE3    OE4    OE5    OE6    WT1    WT2    WT3    WT4    WT5    WT6
KO1    0    0.282    0.317    0.267    0.332    0.253    0.327    0.357    0.319    0.288    0.292    0.311    0.310    0.319    0.301    0.311    0.326    0.283
KO2    0.282    0    0.355    0.338    0.432    0.308    0.331    0.331    0.332    0.326    0.297    0.325    0.298    0.339    0.283    0.295    0.342    0.295
KO3    0.317    0.355    0    0.314    0.331    0.316    0.422    0.398    0.357    0.355    0.358    0.407    0.375    0.364    0.365    0.351    0.355    0.324
KO4    0.267    0.338    0.314    0    0.325    0.262    0.397    0.401    0.347    0.334    0.332    0.386    0.333    0.335    0.347    0.344    0.337    0.323

实验设计信息

至少 2 列，第一列为样本名字，系统会检测与数据表是否一致；第二列为样本属性，一般是分组信息。在线平台设置了该信息为必选项。

ID    A1    Moisture    Management    Use    Manure
Sample1    2.8    1    SF    Haypastu    4
Sample2    3.5    1    BF    Haypastu    2
Sample3    4.3    2    SF    Haypastu    4
Sample4    4.2    2    SF    Haypastu    4

必选参数

把数据粘贴或上传后，点击Check data核对数据是否有问题。

为了避免一般性错误，在线平台设置了一个必选项Color variable。该选项有 2 个用途：

1. 设置样本点的颜色

2. 设置样本点的分组信息 (如果 Group variable没设置的情况下)

之所以这么设计，是习惯上样本点的颜色属性一般等同于分组属性。

美化参数、统计参数

与其它工具类似，不再赘述。

查看结果

访问网址：http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27MzQ%3D%27 （点击阅读原文直达）

往期精品(点击图片直达文字对应教程)

机器学习

后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集