从一条留言说起 | 在基因组时代,这个遗传分析课程能为我们带来什么?

生信宝典

共 1678字,需浏览 4分钟

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2022-07-08 22:35

一条留言
  聊生信、生信宝典会定时发送临床基因组、外显组、遗传变异分析的文章。经常在推文中收到类似这样的留言:

推文:人类遗传变异神库 | ClinVar数据库详解

  读者的问题、解答及反馈,反映了遗传变异数据库的检索、下载、数据处理,难以避免需要一些编程基础,一定的代码能力,比如这里可以使用grep命令。
非得学习代码、编程?
  grep是一个来自Linux系统的简单命令,那么就需要有一个Linux系统或者模拟的命令,可以使用:Linux服务器,或者Windows下的Git bash软件,又或者Windows下的Ubuntu子系统。Windows下的Linux虚拟机或者Windows/Linux的双系统可以被Ubuntu子系统替代。
  所以在学习人类遗传变异的分析时,基础的编程能力是必须的。不管哪个单位、哪家公司出的遗传病分析课程,一定要讲解一些代码。学员可能不会1~2天内就学会,但不代表1周或1个月后不会,因为这是一条唯一正确的学习方式
  学习一些编程后,或许在以后的工作中,你也可以手把手教自己的师弟、师妹,甚至教自己未来的孩子们,让他们也接触一些编程与代码,提高工作和学习的能力。

比代码更重要的是什么?

  如果你愿意选择我们的临床基因组课程,课上就会讲解整个分析的代码。但比这个更重要的是遗传的基础知识及原理。就如同上图的留言中的问题,其中涉及的一些概念,因此这也会在培训课上放到比较突出的地方去讲解。例如下面的一张课件:
不同变异类型对蛋白功能的影响方式及程度
OMIM、ClinVar、gnomAD等7个遗传变异数据库详解

从家系中分离变异的5种不同情形
  基础知识及原理,数据库的使用,也需要在课件中理清楚,这可能比学习代码更加重要。

学员是怎么评价的?

  目前已有50名来自国内各大医院、科研院所的医生、研究生前来交流、学习。“英雄不问出处”,只要你的病人需要,或课题需要,都可以使用这套流程。

  之前的学员上过课后,能独立跑完整个分析流程吗?答案是可以的!即使是编程零基础。事实上这门课就是给零基础的人设计的,平均2~4周跑完生信的流程。
来自学员的评价

  学员们有问题时会在群里提问,我们快速解答。遗留问题,能最大限度地节省大家的时间。这同样也节省了我们的时间,因为这些问题迟早需要解决,否则会被不断地提及。慢慢地学员们开始会写简单的代码,看得懂该领域的SCI文章。

课程的价格、性价比,到底怎么样?

  我们的课程费用是4,500元,培训3天。临床基因组的课程设计,除了对课程前期研发的投入,后续的维护,需要再算上服务器的使用,以及长期的答疑。它目前的价格看起来高 (应该是国内最高的,国外的不清楚),但还是极具性价比的。实际的价值预估应该是7,500元
课程性价比
  但是总有人愿意用更少的钱、宁可自己花更多的时间,也要尽量压低这个价 (4,500),比如在自己笔记本电脑上做数据分析 (实际在服务器上分析时遇到的问题更少,也就更高效)。因为没上过课的情况下,无论怎么强调课程设置地多么好、服务器多么方便、答疑能答很久,大家总是有些怀疑、或者认识不到。换作我也是这样想的

我到底该不该学习此课程?

  这个课程价格确实比其它你能见到的课程高,但仍比它实际的价值低很多。
  很多时候时间比钱更重要。如果你能在2~4周做完所有分析,也能学点儿编程,那么就不要犹豫 (甚至有点儿生信基础的能2天内跑完);也能了解主要的遗传、变异基础知识和原理。能在这样的时间内快速完成自己课题,或者完成研究生期间的核心工作,那么这对于减轻你的科研压力是极有帮助的。
  “家里有粮心里不慌”。遗传学分析、遗传证据,以及这些被你发现的变异基因、致病基因,将是你未来所有科研工作的基础。
本周开课 | 第 6 期人类全基因组/外显子组分析理论和实战
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