「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

生信宝典

共 822字,需浏览 2分钟

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2020-08-08 21:44

生物信息学习的正确姿势

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这、ChIP-seq分析 ChIP-seq基本分析流程、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集等内容

patchwork是基于ggplot2的拼图包,因为ggplot2本身没有强大的拼图语法,而一般使用的gridExtracowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。

我关注这个包蛮久了,现在Github上的Star数已经远超大部分的R包,但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关,写的博文大多数也如此,但实际对图形的掌控力并不咋的,所以还是要多多学习。

下面进入正题,掌握好ggplot2patchwork的基本用法,一般的图形都可以搞定了,并必要搞的很复杂。解决问题是关键,认真工作也是关键,画图看起来是,其实不是。

安装

# 需要提取安装好devtools包,
# 如果你解决安装和载入包很麻烦,可以试试pacman包,我在简书写了介绍和简单使用
devtools::install_github("thomasp85/patchwork")

导入:

p_load(patchwork)
# 或
# library(patchwork)

例子

patchwork的使用灰常简单,使用+把要拼的图加在一起就可以了。

library(ggplot2)
library(patchwork)

p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point(aes(mpg, disp))
p2 <- ggplot(mtcars) + geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear))

p1 + p2

我们不用创建对象,也可以像ggplot2本身使用一样相加。

ggplot(mtcars) +
  geom_point(aes(mpg, disp)) +
  ggplot(mtcars) + 
  geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear))

另外,可以使用布局函数plot_layout对拼接细节进行更细致地指定,像每个图的范围,图形的排列。

p1 + p2 + plot_layout(ncol = 1, heights = c(31))

如果你想要在图形之间添加一些空间,可以使用plot_spacer()填充一个空白格。

p1 + plot_spacer() + p2

增加花括号的使用进行嵌套可以布置更复杂的图形:

p3 <- ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec))
p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(carb))

p4 + {
  p1 + {
    p2 +
      p3 +
      plot_layout(ncol = 1)
  }
} +
  plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
image.png

括号也是可以的:

p3 <- ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec))
p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(carb))

p4 + (
  p1 + (
    p2 +
      p3 +
      plot_layout(ncol = 1)
  )
) +
  plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

高级特性

除了将图形添加到一起,patchwork定义了一些有意思的操作符,,简化了上面的嵌套语法。-操作符将左右两边的对象放在同一个嵌套层,而不是像+号把右边放入左边的嵌套层。

p1 + p2 + p3 + plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
p1 + p2 - p3 + plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

现在p1+p2p3在同一嵌套层。

|/操作符可以用来水平和垂直布局。

(p1 | p2 | p3) /
      p4
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

子图多的时候同时修改图形比较麻烦,patchwork提供了*&用来简化代码,它们都可以将同一个操作应用到所有图形。

(p1 + (p2 + p3) + p4 + plot_layout(ncol = 1)) * theme_bw()
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

需要注意*只会应用到当前嵌套层。

p1 + (p2 + p3) + p4 + plot_layout(ncol = 1) & theme_bw()
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

&可以用递归的方式应用到所有层面。

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