「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用
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2020-08-08 21:44
生物信息学习的正确姿势
NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集)等内容。
patchwork
是基于ggplot2
的拼图包,因为ggplot2
本身没有强大的拼图语法,而一般使用的gridExtra
与cowplot
的拼ggplot2
图形都存在不少问题。
我关注这个包蛮久了,现在Github上的Star数已经远超大部分的R包,但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关,写的博文大多数也如此,但实际对图形的掌控力并不咋的,所以还是要多多学习。
下面进入正题,掌握好ggplot2
与patchwork
的基本用法,一般的图形都可以搞定了,并必要搞的很复杂。解决问题是关键,认真工作也是关键,画图看起来是,其实不是。
安装
# 需要提取安装好devtools包,
# 如果你解决安装和载入包很麻烦,可以试试pacman包,我在简书写了介绍和简单使用
devtools::install_github("thomasp85/patchwork")
导入:
p_load(patchwork)
# 或
# library(patchwork)
例子
patchwork
的使用灰常简单,使用+
把要拼的图加在一起就可以了。
library(ggplot2)
library(patchwork)
p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point(aes(mpg, disp))
p2 <- ggplot(mtcars) + geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear))
p1 + p2
我们不用创建对象,也可以像ggplot2
本身使用一样相加。
ggplot(mtcars) +
geom_point(aes(mpg, disp)) +
ggplot(mtcars) +
geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear))
另外,可以使用布局函数plot_layout
对拼接细节进行更细致地指定,像每个图的范围,图形的排列。
p1 + p2 + plot_layout(ncol = 1, heights = c(3, 1))
如果你想要在图形之间添加一些空间,可以使用plot_spacer()
填充一个空白格。
p1 + plot_spacer() + p2
增加花括号的使用进行嵌套可以布置更复杂的图形:
p3 <- ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec))
p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(carb))
p4 + {
p1 + {
p2 +
p3 +
plot_layout(ncol = 1)
}
} +
plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
括号也是可以的:
p3 <- ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec))
p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(carb))
p4 + (
p1 + (
p2 +
p3 +
plot_layout(ncol = 1)
)
) +
plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
高级特性
除了将图形添加到一起,patchwork
定义了一些有意思的操作符,,简化了上面的嵌套语法。-
操作符将左右两边的对象放在同一个嵌套层,而不是像+
号把右边放入左边的嵌套层。
p1 + p2 + p3 + plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
p1 + p2 - p3 + plot_layout(ncol = 1)
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
现在p1+p2
与p3
在同一嵌套层。
|
与/
操作符可以用来水平和垂直布局。
(p1 | p2 | p3) /
p4
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
子图多的时候同时修改图形比较麻烦,patchwork
提供了*
与&
用来简化代码,它们都可以将同一个操作应用到所有图形。
(p1 + (p2 + p3) + p4 + plot_layout(ncol = 1)) * theme_bw()
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
需要注意*
只会应用到当前嵌套层。
p1 + (p2 + p3) + p4 + plot_layout(ncol = 1) & theme_bw()
## `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
&
可以用递归的方式应用到所有层面。
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