5 篇 NAR | 生物大数据时代,如何做好数据管理和再利用,发IF10+的数据库文章?
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2024-05-19 21:00
生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。
下面再分享9个我们承建发表的数据库,5篇NAR,一篇BIB,一篇Nature protocols,2篇Science Bulletin,一篇iMETA,一篇APSB,一篇 Nature Genetics,总计影响因子180+,以飨读者。
中医药方剂的数据库,收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息,
网站古色古香,设计精美,交互探索,网络大气,
高颜值是很好的敲门砖,
于2018年发表于NAR杂志。
(http://www.tcmip.cn/ETCM/)
表格展示太枯燥,关键信息交互式饼图展示,查看,点击筛选~~
现在数据库升级第二版,更多功能,更多展示 (网络图比下面这个更漂亮,更有生物意义,更有交互性,只是暂时还不能释放 o(╥﹏╥)o),第三版也在进行投稿中。
另一个是`Prophage hunter`,在细菌基因组中寻找活性噬菌体。
页面极简,但设计精良,定制基因组浏览器交互,
于2019年发表于NAR杂志。(https://pro-hunter.bgi.com/)
表格和基因组浏览器的双向控制
再一个是海洋天然产物数据库,页面精美,功能强大!发表于2020年NAR数据库专刊。(http://www.cmnpd.org)
多模式组合检索
大动物肠道菌群数据库,页面精美,功能强大!发表于2022年NAR数据库专刊。(http://www.ehbio.com/CRAMdb/)
高通量分离培养和鉴定植物根系细菌的在线分析平台于2021年发表于Nature Protocol。
做的更多的还是分子数据的展示,如转录组相关数据的展示,发表于BIB杂志。(www.devomics.cn)
首先展示下首页,专业设计师私人定制,可以传统,可以现代;可以功能为主,也可以轮播酷炫。
首页搜索框全局搜索,类似谷歌,输入基因名、通路名、功能关键词皆可搜索。
小轮播展示网站可做的分析和结果展示,差异基因富集全套,还是交互式的。
四个饼图联动展示数据库收录的样品和属性信息,高端大气显内涵。
那搜索一下,都展示哪些信息?
基因,别名,公共数据库链接,功能注释,表达分布,PPI网络,共表达网络,想放啥放啥!
一个基因嫌少,来绘制一组基因的表达谱,修饰谱;同时展示甲基化修饰与基因表达的关系。
图就不展示了,绝对心中所想!
搜索太简单了(其实功能很强大),可否更多条件搜索?
多组学如何展示?基因组浏览器可否嵌入?
基因组浏览器是多组学的展示利器,更多见:
ChIP类数据同时展示IP
, Input
样品丰度 (这个双峰图可拆可合)和peak
信息,见下图。
展示同源物种,也可以~
更多在线功能,样品聚类、筛选、差异基因(样品特异性基因)、功能富集 (一个小的云平台出来了)
更多交互式图,染色体图谱、饼图、箱线图、交互式表
数据库收录样本信息更多互动展示
这也是一个主页风格,随您定制。
更多地图展示
时间轴变化来一个
访问量统计页来一个 (这是高颜值可定制在线绘图工具-第三版的用户访问,总访问量20万,给您做个友情链接,也能推广带动访问)
以上列出一部分,更多数据库还在建设中,发表后慢慢释放,更多展示和需求也等您提出。
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