Bio4j生物信息学图数据库

Bio4j是一个基于生物信息学图的数据库，包括UniProt KB（SwissProt+ Trembl），基因本体论（GO）的，UniRef（50,90,100）的RefSeq，和NCBI分类中的大多数数据。

Bio4j看起来有些吓人，所有这些存储库都具有类似的名称。

bio4j / bio4j

在此存储库bio4j / bio4j中，您将找到通用的Bio4j模型和API。使用类型化的属性图模型对实体，关系及其属性进行建模。例如，存在Protein或的顶点类型GoTerm，以及GoAnnotation从Protein到的边类型GoTerm。该曲线图的模式被分离成不同的图形中，对应于不同的数据源（UniProt，Go，UniRef，...）和连接在它们之间（UniProtGo，UniProtUniRef，...）。

该API基于bio4j / angulillos，使您可以在此图模式上编写泛型类型的遍历：

protein.uniref50Member_outV()

  .map(

    UniRef50Cluster::uniRef50Member_inV

  )

  .map(

    prts -> prts.map(

      Protein::goAnnotation_outV

    )

  );

稍后可以在特定的后端上执行。