Bio4j生物信息学图数据库

联合创作 · 2023-10-01 17:55

Bio4j是一个基于生物信息学图的数据库,包括UniProt KB(SwissProt+ Trembl),基因本体论(GO)的,UniRef(50,90,100)的RefSeq,和NCBI分类中的大多数数据。

Bio4j看起来有些吓人,所有这些存储库都具有类似的名称。

bio4j / bio4j

在此存储库bio4j / bio4j中,您将找到通用的Bio4j模型和API。使用类型化的属性图模型对实体,关系及其属性进行建模。例如,存在Protein或的顶点类型GoTerm,以及GoAnnotationProtein到的边类型GoTerm。该曲线图的模式被分离成不同的图形中,对应于不同的数据源(UniProtGoUniRef,...)和连接在它们之间(UniProtGoUniProtUniRef,...)。

该API基于bio4j / angulillos,使您可以在此图模式上编写泛型类型的遍历:

protein.uniref50Member_outV()
  .map(
    UniRef50Cluster::uniRef50Member_inV
  )
  .map(
    prts -> prts.map(
      Protein::goAnnotation_outV
    )
  );

稍后可以在特定的后端上执行。

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