BMA生物模型分析器

联合创作 · 2023-10-01 18:35

BMA,即 Bio Model Analyzer,是微软开源的生物模型分析器,这是一款能够帮助生物学家模拟细胞互动和通信过程的基于云的工具。

BMA 能够创建计算机模型,让研究人员将健康细胞的正常代谢过程与疾病发作时的异常代谢过程进行对比。“在硅基上”(即使用计算机而非较为传统的模型)从事这项工作,将允许研究人员以更快的速度检测比以前更多样的可能情况。

BMA 也是微软利用计算机科学加速癌症研究和治疗突破的研究项目之一。

包括:

  • 一个HTML5用户界面,用于快速模型构建和分析,以及用于执行分析和模拟(解决方案bmaclient)的相应REST API应用程序。
  • 一种用于访问各种分析算法(解决方案BioCheckConsole)的命令行工具
  • 命令行混合物理/可执行模拟器(解决方案Athene),如“通过线虫模型揭示线虫种系中的紧急干细胞动态平衡”所示
  • 一个旨在以线性时间逻辑(文件夹ChatBot)进行用户教育的聊天机器人
  • 一组正式验证生物学模型的相关工具

该项目的目标是为生物学家提供强大的,新开发的算法的访问权限,而无需基础计算机科学方面的专业知识。这是通过定制的用户界面和新颖的交互方法来实现的。该项目的目的是扩大通过该工具提供的建模和分析方法的范围,并扩展界面以提高用户采用的便利性。

用户界面被视为生产质量,而所有其他工具被视为处于不同准备阶段的原型。

项目路线图上的三个目标是向用户界面添加更高级的库和比较功能,扩大工具中可用的并发类型的范围,并增加对替代模型格式的支持。计划在未来2-3年内解决此问题。

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